Bir zamanlar Siyahi Samuray olarak tanınan barışçıl bir kayıkçı, gizemli güçleri olan küçük bir kızı kanatlarının altına alınca kendini tekrar çatışmanın ortasında bulur. Sihir ve ileri teknoloji ile yeniden tasarlanan alternatif bir gerçeklik olan 16. yüzyıl feodal Japonya’sında Yasuke adlı bir savaşçı, Honnō-ji’de savaş ağası Yami no Daimyо̄ ordusuna karşı verilen savaşta Oda Nobunaga’nın düşüşüne tanık oldu. Yirmi yıl sonra Yasuke, hikayeli geçmişini arkasına “Kara Samuray” olarak bilinen efsanevi bir ronin olarak koyar ve uzak bir köyde Yassan adında bir kayıkçı olarak emekli olur. Yerel bir barda Ichika adında bir şarkıcı ve gizemli sihirli güçlere sahip hasta bir kız olan kızı Saki ile karşılaşır. Bir saldırının ardından Yasuke, Ichika tarafından çocuğu bir doktora götürmekle görevlendirilirken, kendisini rakip daimyo arasındaki güç mücadelesinin ortasında bulurken ve küçük çocuğu korurken karanlık doğaüstü unsurlarla uğraşır.