Gauna'dan bu yana 1000 yıldır, garip uzaylı ırkı, bilinmeyen bir metodla güneş sistemi yok etti. İnsanlığın bir bölümü Sidonia gibi büyük “gönderme gemileri”ni kullanarak kaçmayı başardı ki bu gemiler uzayda sürükenirken nüfuslarını koruma görevlerini yerine getiriyorlardı. Nagate Tanizale geminin içinde yetişmiş genç bir adamdır. O Gardes olarak bilinen büyük robot silahların pilotu olmak için eğitime giderken, Nagate’ye efsanevi ünite olarak bilinen Tsugumori emanet edildi. Nagate ve onun dost pilotları Gauna’ya karşı olacak inanılmaz insanlığın kurtuluşu için olan savaşa canlarını koydular!