Nagate Takinaze ''tohum'' gemisinin derinliklerinde yetiştirilen bir gençtir. Gardes robotlarını kontrol etmek için eğitim başladığında Tsugomori diye bilinen efsanevi birime pilotluk yapmakla görevlendirilir. Nagate ve diğer pilot dostları Gauna'ya karşı insanlığın kurtuluşu için o son mücadelede hayatları pahasına savaşacaktır(Serinin ikinci sezonudur).